Werner Prinzjakowitsch ist Diplomsozialarbeiter und MSc Management in Organisationen des Sozial und Gesundheitswesens. Seit 1984 leistet er professionelle Jugendarbeit. 1988 wurde er Leiter von verschiedenen Einrichtungen des Externer Link: Vereins Wiener Jugendzentren (VJZ) und ist seit 2008 pädagogischer Bereichsleiter des VJZ (36 Einrichtungen, 300 Mitarbeiter_innen) mit Fachaufsicht für 10 Einrichtungen und leitet dort die Fachbereiche Politische Bildung, Diversität, Interkulturelles und internationale Kontakte.
Darüber hinaus ist Werner Prinzjakowitsch Trainer (Lektor) bei internationalen Fortbildungen, Mitglied im Bundesweiten Netzwerk Extremismusprävention und Deradikalisierung des Bundesamts für Verfassungsschutz und Terrorismusbekämpfung sowie Co-Leiter der Arbeitsgruppe “Externer Link: Youth, Families and Communities” des RAN (Radicalisation Awareness Network) der Europäischen Union.