Amts- und Mandatsträger bestimmen Erscheinungsbild
Bezogen auf die Organisation wirken in der FDP unter allen deutschen Parteien die Relikte einer Honoratiorenpartei am stärksten nach. Das Erscheinungsbild der Partei wird vor allem durch ihre Abgeordneten und - wenn sie regiert - Minister bestimmt, weniger durch die Parteibasis oder den Parteiapparat. Auch unter den Mitgliedern und Funktionären haben sich viele ein hohes Maß an "innerer Unabhängigkeit" bewahrt. Dies steht den Bedürfnissen einer straffen Organisation manchmal im Wege, verbürgt aber zugleich einen gewissen Schutz gegen populistische Tendenzen in der Parteiführung, wie sie z.B. Anfang der 2000er-Jahre zu beobachten waren. Prekär ist die Organisationsschwäche in finanzieller Hinsicht, indem sie die FDP in hohem Maße von Spenden abhängig macht. Weil sich darunter überdurchschnittlich viele Großspenden befinden, wurde der Partei immer wieder ihre Abhängigkeit von der Wirtschaft vorgeworfen. In die großen Parteienfinanzierungsskandale der 1980er-Jahre war die FDP maßgeblich mitverwickelt (Lösche / Walter 1996: 127 ff.).
Nachhaltige Auswirkungen auf die Parteiorganisation hatten die Koalitionswechsel Ende der 1960er- und Anfang der 1980er-Jahre. Durch sie gingen der FDP nicht nur in erheblichem Maße Mitglieder verloren, sondern auch ein Teil ihres Führungspersonals (Walter 2010: 33). Bei der zweiten Wende verließen dabei vor allem Vertreter der Nachwuchsgeneration die Partei, etwa Ingrid Matthäus-Maier oder der spätere EU-Kommissar Günter Verheugen, die beide zur SPD wechselten.
Der Organisationsaufbau der FDP entspricht dem der anderen im Bundestag vertretenen Parteien. Höchstes Organ ist der aus 662 Delegierten bestehende Parteitag, der einmal im Jahr zusammentritt und laut Parteisatzung über "grundsätzliche politische und organisatorische Fragen" berät und beschließt. Er wählt das Präsidium, dem die eigentliche operative Führung der Partei obliegt, und den Vorstand. Das Präsidium ist Teil des Vorstandes. Ihm gehören der Parteivorsitzende, die drei stellvertretenden Parteivorsitzenden, der Generalsekretär, der Schatzmeister, drei Beisitzer sowie jeweils ein Vertreter der Bundestags- und Europaparlamentsfraktion an. Der Vorstand umfasst darüber hinaus - falls existent - die Bundesminister, Länderregierungschefs und EU-Kommissionsmitglieder der FDP sowie 34 weitere gewählte und eine wechselnde Zahl von beratenden Mitgliedern. Unter die letztgenannten fielen lange Jahre auch die inzwischen verstorbenen früheren Vorsitzenden Scheel, Genscher und Lambsdorff, um deren Unterstützung sich - von Kinkel bis Lindner - alle folgenden Vorsitzenden bemühten.
Die These einer führungsdominierten Partei wird bei der FDP durch die Rolle der basisdemokratischen Instrumente relativiert. Als bisher einzige im Bundestag vertretene Partei haben die Liberalen - noch dazu während ihrer Regierungszeit - Mitgliederentscheide zu bedeutsamen einzelnen Sachfragen durchgeführt. In beiden Fällen konnte sich die Parteispitze durchsetzen: 1995 setzte sie das Instrument selbst ein, um mit der erwarteten (und von ihr gewünschten) Zustimmung der Basis den Widerstand der Justizministerin gegen den Großen Lauschangriff zu brechen, 2011 wehrte sie ein von der Basis angestrengtes Mitgliederbegehren gegen die Eurorettungspolitik ab (Treibel 2014: 219 ff.).
Eine vergleichsweise große Rolle spielen in der FDP die Landesverbände, während die innerparteilichen Gruppierungen und Strömungen von eher geringer Bedeutung sind bzw. an Bedeutung verloren haben. Ausgenommen davon bleiben lediglich die Jungen Liberalen, die als Jugendorganisation der FDP 1983 die nach der Bonner Wende in Ungnade gefallenen Jungdemokraten ablösten und heute das wichtigste Karrieresprungbrett für die künftige Führungsreserve darstellen (Treibel 2018: 328 f.).
Mitgliederzahl auf höchstem Stand seit 25 Jahren
Die Mitgliederzahl der FDP bewegte sich seit den 1950er-Jahren trotz der verschiedenen Austrittswellen relativ konstant zwischen etwa 53.000 (niedrigster Wert 1971) und 87.000 (höchster Wert 1981), bevor sie nach der Vereinigung mit der ostdeutschen LDPD 1990 kurzzeitig von 65.000 auf fast 179.000 hochschnellte. Bereits 1999 war der alte Wert von 65.000 wieder erreicht. Nach ihrem Ausscheiden aus der Regierung fiel die FDP 2015 mit 53.000 auf das Rekordtief von 1971 zurück, seither nimmt die Mitgliederzahl wieder zu (auf 77.300 Ende 2021).