Darüber hinaus stand die israelische Staatsbürgerschaft auch denjenigen nicht-jüdischen (arabischen) Bewohnern zu, die nach 1948 nicht vertrieben wurden bzw. das Land nicht verließen oder bis 1952 dorthin zurückkehrten. Somit lebt heute eine rund 1,4 Millionen Menschen umfassende Minderheit von Arabern moslemischen, christlichen und drusischen Glaubens als Staatsbürger in Israel. Sie verfügen zwar über die gleichen individuellen Rechte, sind de facto aber vielfach benachteiligt.
Das israelische Recht sieht grundsätzlich zwar auch die Einbürgerung von nicht-jüdischen Ausländern vor, diese Option ist jedoch an zahlreiche Voraussetzungen gebunden. Zudem liegt sie im Ermessen des Innenministeriums und spielt bisher eine untergeordnete Rolle. Von Ausnahmen abgesehen tendiert die jüngere israelische Politik eher in die Gegenrichtung: Im Juli 2003 verabschiedete das israelische Parlament (Knesset) ein Gesetz, nach dem die Vergabe von Aufenthaltsgenehmigungen bzw. der israelischen Staatsbürgerschaft für Palästinenser aus den besetzten Gebieten untersagt ist, selbst wenn die Zuwanderung im Rahmen des Familiennachzugs erfolgen soll. Gemäß dem Gesetz über Staatsangehörigkeit und Einreise nach Israel können Palästinenser, die israelische Staatsbürger heiraten, weder einen Aufenthaltsstatus noch die israelische Staatsangehörigkeit erhalten. Das Gesetz in Form einer jährlich per Parlamentsbeschluss zu verlängernden Verordnung wird offiziell mit den Sicherheitsinteressen Israels begründet.
Das Gesetz läuft der internationalen Praxis der Familienzusammenführung ebenso entgegen wie den bürgerrechtlichen Standards westlicher Demokratien, und entsprechende Klagen haben die Kritik des Obersten Gerichtshofs auf den Plan gerufen. Dieser billigte es jedoch in einer knappen Mehrheitsentscheidung mit einschränkenden Auflagen an den Gesetzgeber. 2005 und 2007 wurden jeweils kleinere Änderungen vorgenommen: Einerseits kann nunmehr seitens des Innenministeriums Frauen über 25 und Männern über 35 Jahren sowie Kindern unter 14 Jahren in Einzelfällen ein befristeter Aufenthalt gestattet werden, was eine geringfügige Lockerung bedeutet. Andererseits wurde der Geltungsbereich des Gesetzes dahingehend ausgeweitet, dass neuerdings auch Familienangehörige aus "feindlichen Staaten" (genannt werden Syrien, Iran, Irak und Libanon) von Aufenthalts- und Einbürgerungsrechten ausgeschlossen sind. Die aktuelle Verordnung des Gesetzes, gegen das erneut Beschwerde beim Obersten Gerichtshof erhoben wurde, ist bis zum 31. Juli 2008 gültig.
Ethnische Demokratie
Israel gilt weiterhin zu Recht als einziger demokratischer Staat im Nahen Osten. Doch seine Demokratie unterliegt gewissen Einschränkungen, gerade im Bereich der Staatsbürgerschaft. Kritiker heben hervor, das Staatsangehörigkeits- und Einreisegesetz beraube die arabische Minderheit einiger ihrer bürgerlichen Freiheitsrechte und ziele ausschließlich darauf ab, die Anzahl der Palästinenser mit permanentem Aufenthaltsrecht bzw. israelischer Staatsangehörigkeit gering zu halten. Damit sei es Ausdruck einer Herrschaftsform, die Gleichheit und individuelle Freiheit nicht im Sinne liberaler Demokratien als universelle Rechte für alle Gruppen und Minderheiten betrachte, sondern vielmehr unter ethnisch-religiösen Gesichtspunkten die jüdische Mehrheit bevorzuge – eine nicht-demokratische "Ethnokratie". Das klassische politikwissenschaftliche Modell von Israel als einer "ethnischen Demokratie" geht demgegenüber davon aus, dass Staatsform und politische Prozesse grundsätzlich auf der Basis gleicher Rechte und Prinzipien für alle Bürger funktionieren und die Wahrnehmung dieser Grundrechte gewährleisten würden. Jedoch übe die majoritäre ethnische Gruppe unter Wahrung demokratischer Regeln die staatliche Institutionenkontrolle aus. Die "ethnische Demokratie" sei demnach eine Demokratie mit Abstrichen; durch demokratische Mehrheitsentscheidungen manifestiere sich eine Dominanz.
Die palästinensischen Staatsbürger Israels empfinden dies als diskriminierend. Trotz deutlicher Benachteiligung bei Bildung, Einkommen und Wohnen ist die Mehrzahl hinsichtlich ihrer persönlichen, insbesondere wirtschaftlichen, bildungs- und berufsbezogenen Entwicklungsmöglichkeiten im Land zwar durchaus nicht unzufrieden. Doch wird die rechtliche Situation in hohem Maße als inakzeptabel wahrgenommen. Das Existenzrecht Israels erkennen mehr als 90 % der arabischen Israelis an. Eine Mehrheit wünscht sich jedoch die Umwandlung in eine Konsensdemokratie – ein binationales politisches Gemeinwesen, in dem keine Bevölkerungsgruppe staatlicherseits bevorzugt wird.