Die ersten gewaltsamen innerstaatlichen Konflikte der Moderne sind als Revolutionen in die Geschichte eingegangen: die „Glorreiche Revolution" in England (1688-89), die Amerikanische Revolution (1774-76) und die Französische Revolution (1789-93). Sie transformierten dynastische und koloniale Herrschafts- und Ordnungsprinzipien oder schafften sie ab. Die Revolutionen gingen meist mit Bürgerkriegen einher. Die Englische Revolution hätte wahrscheinlich ohne den englischen Bürgerkrieg (1642-49) nicht stattgefunden. Auf die amerikanische Unabhängigkeitserklärung (1776) folgte eine jahrelange kriegerische Auseinandersetzung mit der Kolonialmacht Großbritannien. Die Nachwehen der von den amerikanischen Erfahrungen inspirierten Französischen Revolution waren ebenfalls massiv gewaltsam. Der mit Abstand opferreichste Bürgerkrieg war der Aufstand der katholisch-royalistisch gesinnten Landbevölkerung in der Vendée und seine brutale Niederschlagung von 1793 bis 1796.
In der Geschichte moderner innerstaatlicher Konflikte spiegelt sich der Wandel innenpolitischer und weltgeschichtlicher Paradigmen wider: In der Französischen Revolution standen sich die Anhänger und Gegner der Monarchie und der Republik gegenüber. Im Amerikanischen Bürgerkrieg (1861-1865) kämpften die Parteien um das zeitgemäße Wirtschaftsmodell und die Berechtigung der Sklaverei. Die Russische Revolution und der Bürgerkrieg (1917/18-1920/22) führten die Spaltung zwischen Sozialismus und Kapitalismus als Konfliktmotiv ein. Beide Ereignisse verdeutlichten im Übrigen anschaulich die Verquickung unterschiedlicher Begrifflichkeiten: Revolution und Bürgerkrieg müssen sowohl mit den Sezessionskriegen in Polen, Finnland und den baltischen Staaten als auch mit der Einmischung externer Mächte (z.B. Deutschland, Tschechoslowakei, Türkei, Großbritannien, USA) zusammengedacht werden.
Mit dem Griechischen Bürgerkrieg 1945/46-1949 wurden innerstaatliche Konflikte zu einem Teil des Kalten Krieges, der von Stellvertreterkriegen der Großmächte gekennzeichnet war. In Kolumbien prägte die Verflechtung aufständischer, krimineller und staatlicher Gruppierungen den seit Ende der 1950er Jahre andauernden Bürgerkrieg. Die Zerfallskriege in den 1990er Jahren in der Sowjetunion und Jugoslawien rückten nationalistische Ideologien und die Auseinandersetzungen zwischen ethnisch-religiösen Mehrheiten und Minderheiten in den Vordergrund.
„Bürgerkrieg“, „innerstaatlicher bewaffneter Konflikt“ und „nicht-internationaler bewaffneter Konflikt“ sind keine deskriptiven, sondern normative Begriffe. Der erste, der die klare Trennung der Kriegsformate in Frage stellte, war der Schweizer Rechtstheoretiker Emer de Vattel. Zwar, so Vattel in seiner 1785 erschienenen Schrift über „Das Recht der Völker“, sei die Integrität eines Staates sakrosankt. Würde ein Herrscher aber untragbar und formierte sich Widerstand, der stark genug war, ihn zu beseitigen, dann sei das ein Bürgerkrieg. Dieser unterscheide sich von einer „Rebellion“, wenn die Kämpfer das Gesetz auf ihrer Seite hätten. Wenn die Parteien kein Gefühl einer gemeinsamen politischen Einheit mehr hätten, dann gleiche ihr Krieg dem zwischen zwei Staaten. Das wiederum bedeutete, dass andere Staaten vermitteln oder diejenige Partei unterstützen konnten, die im Recht ist. Intervention wurde zu einer Option – eine für die Mitte des 18. Jahrhunderts neue Sichtweise. Sie revolutionierte den Begriff staatlicher Souveränität und wurde zur Blaupause nicht nur für die amerikanische Unabhängigkeitserklärung.
Die Französische Revolution zog die Zivilbevölkerung massiv in Mitleidenschaft. Dies veränderte den Begriff des Bürgerkriegs. Mitte des 19. Jahrhunderts verband man mit ihm die Vorstellung eines totalen, die gesamte Bevölkerung umfassenden Krieges. Die Frage der Legitimität blieb zentral. In seiner berühmten Rede auf dem Schlachtfeld von Gettysburg im November 1863 bezeichnete Abraham Lincoln den Krieg zwischen den aus den Vereinigten Staaten ausgetretenen Südstaaten (Konföderierte) und den in der Union verbliebenen Nordstaaten als Bürgerkrieg. Die juristische Grundlage für die Handlungen der von Lincoln geführten Unionsarmee hatte der in Preußen geborene Jurist und Rechtsphilosoph Francis Lieber verfasst. Sie ist als Lieber Code in die Geschichte eingegangen und blieb in U.S. Militärkreisen und im humanitären Völkerrecht bis weit ins 20. Jahrhundert eine oft konsultierte Vorlage. Lieber definierte diejenigen Kämpfer, die als Teil der regulären Armee anerkannt und deshalb legitim waren, als Partisanen. Die anderen kämpften irregulär und waren Guerrillas (war rebels). Da die US-Verfassung vorsah, dass Rebellion zu unterdrücken sei, war die Unionsarmee in dieser Auslegung rechtmäßig, die Südstaatenarmee war es nicht. Letztere sah dies naturgemäß ganz anders. Die Frage nach den Grenzen von Staaten und der Bedeutung von „innerstaatlich“ und folglich auch nach dem Recht auf Intervention „von außen“ blieb insbesondere angesichts der Ausweitung der Imperien und Kolonialreiche ambivalent.
Das sozialemanzipatorische Moment erweiterte im Laufe des 19. Jahrhunderts die Definition innerstaatlicher Kriege. Für die afro-amerikanische Bevölkerung waren alle Diskussionen um legitime und illegitime Armeen von augenscheinlicher Irrelevanz. Der Krieg 1861-65 war für sie der Abolitionskrieg, der ihnen Menschenrechte und Freiheit versprach. In Europa bezeichneten Karl Marx und Friedrich Engels im Kommunistischen Manifest den Klassenkampf als „mehr oder minder versteckten Bürgerkrieg“. 1871 merkte Marx in „Der Bürgerkrieg in Frankreich“ an, dass sich die französische Regierung mit Preußen verbündet hatte, um die Pariser Kommune niederzuschmettern – und das, obwohl Preußen Frankreich gerade im Krieg besiegt hatte. Damit sei Krieg zwischen Staaten eine Farce geworden.
Die im Oktober 1945 gegründeten Vereinten Nationen sahen sich mit den kriegerischen Folgen von Indiens Unabhängigkeit und der Gründung des Staates Israel sowie dem Griechischen und dem wieder aufflammenden Chinesischen Bürgerkrieg konfrontiert. Das Regelwerk der Genfer Konvention wurde im August 1949 um den Schutz von Zivilpersonen sowie den Begriff „nicht-internationale bewaffnete Konflikte“ erweitert (Gemeinsamer Artikel 3). 1977 wurden zwei Zusatzprotokolle verabschiedet. Seitdem gilt: Wenn ein gewaltsamer Konflikt international ist – also zwischen zwei unabhängigen souveränen Gebilden – dann gilt die Genfer Konvention. Wenn er nicht-international ist, dann gilt der Gemeinsame Artikel 3 und Zusatzprotokoll II. Wenn er weder das erste noch das zweite ist, dann fällt er unter die Jurisdiktion und den Sicherheitsapparat des betroffenen Landes.
Es war der Internationale Strafgerichtshof für das frühere Jugoslawien (ICTY), der die Diskussion um das humanitäre Völkerrecht in nicht-internationalen Konflikten präzisierte. Die jugoslawischen Zerfallskriege der 1990er Jahre waren von ethnischen und religiösen Gewaltformen – bis hin zum Völkermord – geprägt. Die Haltung des ICTY war sehr klar: Warum sollte man Zivilistinnen und Zivilisten vor kriegerischer Gewalt schützen, Vergewaltigung, Folter und die willkürliche Zerstörung von Krankenhäusern, Kirchen, Museen oder privaten Eigentums verurteilen, wenn es sich um einen Krieg zwischen zwei souveränen Staaten handelte, dies indes nicht tun, wenn Massengewalt „nur“ innerhalb eines Staatsterritoriums ausbricht? Indes bleiben die Situationen, denen internationale Organisationen gegenüberstehen, in nicht selten tödlicher Weise lückenhaft. Eine Übertragung des im Kriegsfall geltenden Rechts auf innerstaatliche Kriege kann nicht gelingen, wenn die beteiligten Parteien sich nicht durch das humanitäre Völkerrecht gebunden fühlen. Es ist ein dramatisches Dilemma entstanden, wie sich am Beispiel Syriens verdeutlichen lässt: Während die Syrer den Kampf gegen das Assad-Regime 2011 und 2012 als Bürgerkrieg verstanden, zögerten internationale Beobachter mit der Anwendung des Begriffs. Sie wollten diejenigen, die das Regime angriffen, nicht auf die gleiche Ebene wie Assads Regierung stellen. Diese definierte die Angreifer naturgemäß als Rebellen. Russland und die USA vermieden den Begriff, um sich nicht der Frage der (Nicht-)Intervention stellen zu müssen. Das Internationale Komitee des Roten Kreuzes, immerhin das einzige Kontrollorgan der Genfer Konvention, brauchte bis Juli 2012 – also mehr als ein Jahr und mehr als 17.000 Tote seit Ausbruch des Konflikts – um zu bestätigen, dass das, was in Syrien stattfindet, ein „bewaffneter Konflikt nicht-internationalen Charakters“ sei.
Die Anstrengungen, gewaltsame innerstaatliche Konflikte unter das Dach des humanitären Völkerrechts zu bringen, hatten zur Folge, dass internationale Akteure die entsprechende Einordung scheuten – denn an dieser Entscheidung hängt sehr viel. Nicht zuletzt kann das Label missbraucht werden und Formen der Gewalt Legitimität verleihen, die ansonsten verurteilt würden. Die UN bringen Millionen für humanitäre Hilfe auf, wenn ein „nicht-internationaler bewaffneter Konflikt“ vorliegt. Gleichzeitig lösen sich bisher binär gedachte Strukturen – Staat und Nicht-Staat, öffentlich und privat, außen und innen, wirtschaftlich und politisch – zunehmend auf. Es scheint, als benötige die große Errungenschaft des humanitären Völkerrechts, die Menschenrechte über das Staatsrecht gestellt zu haben, nun die Entwicklung wirkungsvoller politischer, militärischer, rechtlicher und ethischer Instrumentarien.