Wie schon seit 2005 zahlten die Versicherten einen Sonderbeitrag von 0,9 Prozentpunkten und der verbleibende Rest des Beitragssatzes wurde von Arbeitgebern und Versicherten paritätisch aufgebracht. Allerdings brachte die Einführung des Zusatzbeitrags (siehe Kapitel "Grundmerkmale der GKV-Finanzierung: Zusatzbeiträge für die Versicherten") eine stärkere Belastung der Versicherten mit sich.
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Der Gesundheitsfonds deckte zum Startzeitpunkt 100 Prozent der GKV-Ausgaben. Falls die Krankenkassen mit den Fondsmitteln die Kosten der Krankenversorgung nicht decken können, konnte die Finanzierungsquote durch den Fonds auf 95 Prozent sinken. Bis zu fünf Prozent der GKV-Ausgaben hätten dann durch den Zusatzbeitrag (siehe Artikel
Bis Ende 2008 hatte jede einzelne Kasse ihren Beitragssatz selbst festlegen können. Mit dem Gesundheitsfonds wurde ein bundeseinheitlicher Beitragssatz für alle Krankenkassen eingeführt, der von der Bundesregierung per Rechtsverordnung ohne Zustimmung des Bundesrats festgesetzt wird. Damit ging die Entscheidungskompetenz also von der Selbstverwaltung der Kassen auf den Staat über. Gleichzeitig mit dem Gesundheitsfonds wurde ein morbiditätsorientierter Risikostrukturausgleich (siehe Kapitel "Prinzipien der gesetzlichen Krankenversicherung (GKV): Der Risikostrukturausgleich (RSA)") eingeführt.