Ab 2001 arbeitete sie freiberuflich als Dozentin und Beraterin zu inter- und transkultureller Kommunikation in Frankfurt am Main. Von 2003 bis 2012 war sie zunächst freie Beraterin und Seminarleiterin und dann als Projektleiterin fest bei der Zentralwohlfahrtsstelle der Juden in Deutschland (ZWST) und dort für den Bereich Integration und Professionalisierung tätig.
Seit 2012 ist sie Leiterin der Bildungsabteilung des Zentralrats der Juden in Deutschland. Unter ihrer Leitung fand 2019 erstmalig das jährlich stattfindende Jewish Women Empowerment Summit statt. Seit 2020 ist sie fachliche Leiterin des von ihr initiierten Präventionsprojekts „Zusammen1“ in Kooperation des Zentralrats der Juden in Deutschland und dem jüdischen Sportverband MAKKABI Deutschland. Sabena Donath ist designierte Direktorin der Jüdischen Akademie in Frankfurt am Main.