Von 1964 bis 1968 studierte sie am Institut für Filmgestaltung der Ulmer Hochschule für Gestaltung bei Alexander Kluge und Edgar Reitz. 1980 drehte sie ihren ersten Spielfilm, Malou. Es folgten zahlreiche prämierte Dokumentar- und Spielfilme wie Im Land meiner Eltern (1981), Amigomío (1995) und viele andere mehr.
Von 1990 bis 2008 war Jeanine Meerapfel Professorin im Bereich Film/Fernsehen an der Kunsthochschule für Medien Köln. Zu Beginn ihrer Tätigkeit in Köln leitete sie die Kunsthochschule als Sprecherin des Gründungsausschusses. 2008 erschien bei Neue Visionen Medien eine Werkausgabe ihrer Filme auf DVD. 2012 kam ihr Film Der deutsche Freund, eine argentinisch-deutsche Koproduktion, in die Kinos.
2015 produzierte sie zusammen mit Floros Floridis den audiovisuellen Essay Confusion/Diffusion. Werkschauen präsentierten ihre Filme in Deutschland und in Havanna. 2019 entstand, erneut in Zusammenarbeit mit Floros Floridis, der audiovisuelle Essay Moving Sand/Topos.
Im Dezember 2019 war sie Präsidentin der Jury des 41. Festival Internacional del Nuevo Cine Latinoamericano in Havanna.
Für ihre Erfolge als Filmemacherin und Autorin sowie ihren Einsatz für Menschenrechte, Meinungsfreiheit und die gleichberechtigte Vielfalt der Kulturen wurde sie 2020 mit dem Bundesverdienstkreuz 1. Klasse ausgezeichnet.
Im Herbst 2020 initiierte sie die Europäische Allianz der Akademien, einen Zusammenschluss von mehr als 60 Kunstakademien und Kulturinstitutionen aus Ländern der Europäischen Union, aus Großbritannien und Norwegen, die gemeinsam für die Freiheit der Kunst einsteht. Der Bundesverband Regie (BVR) ernannte die Filmemacherin im Februar 2021 zur Ehrenpräsidentin. Ihr dokumentarisches Filmessay Eine Frau hatte am 18. November 2021 auf dem internationalen Filmfestival in Mar del Plata (Argentinien) Weltpremiere, lief im Dokumentarfilmwettbewerb des 28. Jüdischen Filmfestivals Berlin | Brandenburg (JFBB) – ergänzend zu einer Hommage mit 6 weiteren Filmen – und kommt 2022 in die Kinos.
Jeanine Meerapfel ist seit 1998 Mitglied der Akademie der Künste, Sektion Film- und Medienkunst. Von 2012 bis 2015 war sie Stellvertretende Direktorin dieser Sektion. 2015 wurde sie zur Präsidentin der Akademie der Künste gewählt. Im Mai 2018 und November 2021 erfolgte die Wiederwahl.
Preise und Auszeichnungen (Auswahl): 1981 Preis der Internationalen Filmkritik FIPRESCI in Cannes für Malou; 1985 Preis der deutschen Filmkritik für Die Kümmeltürkin geht; Bundesfilmpreis 1989 und argentinische Oscar-Nominierung für La Amiga; 2000 Künstlerinnenpreis des Landes Nordrhein-Westfalen; 2001 Spezialpreis beim argentinischen Festival Mar del Plata für Annas Sommer; 2012 Ehrenpreis für das Gesamtwerk beim Internationalen Filmfestival Innsbruck. Im Rahmen des 28. Jüdischen Filmfestivals Berlin | Brandenburg (JFBB) ging der Preis für den interkulturellen Dialog an Eine Frau, den neuen Film von Jeanine Meerapfel. Die Begründung der Jury lautete: „Der Film stellt große Fragen über die Leerstellen des 20. Jahrhunderts in einer einzigartigen poetischen und filmischen Sprache.“
Die Filmemacherin, Drehbuchautorin und Produzentin lebt in Berlin.