Nach dem Sturz Erich Honeckers und dem Fall der Mauer am 9. November 1989 nahm der Machtverfall der SED rasant zu. Am 3. Dezember traten schließlich der Generalsekretär Egon Krenz, das Politbüro und das Zentralkomitee zurück. Am 6. Dezember trat Krenz auch als Vorsitzender des Staatsrats und der Nationalen Verteidigungsrates zurück. Als provisorische Parteileitung wurde ein 25-köpfiger Arbeitsausschuss gebildet.
Nachdem bereits massenhaft Mitglieder aus der SED ausgetreten waren, verließen nun die Blockparteien den „Demokratischen Block”, dem sie fast 40 Jahre lang unter SED-Führung angehört hatten. Im Dezember fand ein außerordentlicher Parteitag statt, auf dem über eine Auflösung der SED abgestimmt wurde. Eine große Mehrheit stimmte aber für eine Weiterexistenz. Der Rechtsanwalt Gregor Gysi wurde mit 95,3 Prozent der Stimmen zum neuen Parteivorsitzenden gewählt. Ebenfalls beschloss der Parteitag das Anstreben einer „Vertragsgemeinschaft”, mit der Bundesrepublik. Die Umbenennung der Partei in „Sozialistische Einheitspartei Deutschlands / Partei des demokratischen Sozialismus” (SED/PDS) wurde ebenfalls auf dem Parteitag vollzogen. Ab Januar 1990 nannte sich die Partei nur noch PDS.