Laut Parteistatut war das vom Parteitag gewählte Zentralkomitee (ZK) das höchste Organ der SED. Faktisch bestimmten jedoch die 16 Mitglieder und sieben Kandidaten des Politbüros und das Sekretariat des ZK unter Anleitung des Ersten Sekretärs die Richtung der Politik in der DDR. Die 1.500 Mitglieder des ZK bereiteten alle politischen, wirtschaftlichen, sozial- und kulturpolitischen Bestimmungen vor, die die jeweiligen Ministerien danach umsetzen mussten.
Die Partei- und damit die Staatsführung der DDR wurde in den Jahren von 1950 bis Oktober 1989 von nur zwei Männern ausgeübt – von Walter Ulbricht und nach ihm von Erich Honecker. Der ehemalige KPD-Vorsitzende Wilhelm Pieck war zwar von 1949 bis 1960 Präsident der DDR. Das Amt, das er als einziger je innehatte war jedoch auf eine repräsentative Funktion beschränkt. An der eigentlichen Schaltstelle der Macht sass Walter Ulbricht, der im Juli 1950 zum Generalsekretär der Partei ernannt wurde und damit faktisch die Parteiführung übernahm. Ulbricht gelang es im Laufe der Jahre seine Machtposition immer weiter auszubauen und Widersacher auszuschalten. Nach dem 17. Juni 1953 wurde er Erster Sekretär des ZK, 1955 Erster Stellvertreter des Vorsitzenden des Ministerrates, 1960 übernahm er die Befehlsgewalt über die Nationale Volksarmee. Nach dem Tod Wilhelm Piecks 1960 wurde das Amt des Präsidenten der DDR abgeschafft und Ulbricht wurde als Vorsitzender des Staatsrates neues Staatsoberhaupt. Er hatte es damit geschafft, die Kontrolle über alle entscheidenden Positionen an sich zu reißen.
1971 trat Ulbricht aus „gesundheitlichen Gründen” zurück und Erich Honecker übernahm die Position als Erster Sekretär des ZK – Ulbricht bleib zwar Vorsitzender des Staatsrates, hatte aber faktisch keine Macht mehr. Honecker übernahm ebenfalls den Vorsitz des Nationalen Verteidigungsrates und 1976 den Vorsitz des Staatsrates, den nach Ulbrichts Tod 1973 Willi Stoph innegehabt hatte. 1976 wurde Honecker zum Generalsekretär der SED ernannt. Auch Honecker hatte eine absolute Machtposition in der SED und damit der DDR inne, bis er am 18. Oktober 1989 aus dem Amt gedrängt und von Egon Krenz ersetzt wurde.