Oberstes Gremium der SED waren die Parteitage, die etwa alle fünf Jahre stattfanden. Sie wurden als gesamtgesellschaftliches Ereignis zelebriert, ohne dass bei dieser Gelegenheit irgendetwas diskutiert oder gar entschieden wurde. Auf keinem der Parteitage vor 1990 gab es kontroverse Redebeiträge oder gar Gegenstimmen. Formal wählte der Parteitag das Zentralkomitee (ZK), das zwischen den Parteitagen mehrmals jährlich zusammentrat, um sich die Reden der führenden Genossen anzuhören.
Das Politbüro
Das ZK wählte das Politbüro, ein Gremium von etwa zwanzig Mitgliedern und Kandidaten (Mitglieder ohne Stimmrecht), das jeden Dienstag tagte und eine Art Überregierung der DDR bildete. Dort waren die wirklich mächtigen Männer (in der Tat war niemals eine Frau Mitglied dieses Gremiums) versammelt. Die Macht der Minister für Staatssicherheit, Verteidigung, Inneres usw. beruhte auf der Mitgliedschaft im Politbüro, nicht auf dem Ministerrang. Innerhalb des Politbüros fand eine weitere Konzentration der Macht auf wenige Personen, insbesondere auf die Person des Ersten Sekretärs bzw. Generalsekretärs statt. Trotz der Kollektivität der Führung neigte die SED, wie alle anderen kommunistischen Parteien, zur persönlichen Allmacht einer einzelnen Persönlichkeit. Von Personenkult zu sprechen, ist bei Ulbricht und Honecker sicher übertrieben, doch fast täglich sah man ihre Gesichter auf der ersten Seite der Zeitungen und im Fernsehen.
Seit dem Tod des ersten Präsidenten Wilhelm Pieck übernahm der Parteichef Walter Ulbricht auch die Funktion des Vorsitzenden des Staatsrats und damit die Position des Staatsoberhauptes. Sein Nachfolger Erich Honecker wurde erst nach einer Übergangszeit auch Staatsoberhaupt. So verband sich an der Spitze die reale Macht mit den protokollarischen Würden des Staatschefs.
Institutionen der SED
Unterhalb des Politbüros regierte der zentrale Parteiapparat, oft ZK-Apparat genannt. Seine Abteilungen, wie z.B. Agitation und Propaganda, Kultur, Wirtschaft, Wissenschaft usw., standen faktisch den Fachministerien des Ministerrates und anderen Leitungsgremien vor, obwohl es dafür keinerlei gesetzliche Regelung gab. Oft wurden die Entscheidungen nur mündlich oder am Telefon übermittelt. Von wichtigen Beschlüssen erfuhren die zuständigen Minister oft erst aus den Zeitungen.
Landesweite Struktur
Die SED war regional strukturiert. In jedem Bezirk der DDR gab es eine Bezirksleitung der SED. In jedem Kreis eine Kreisleitung. Einige wichtige Betriebe und Organe, wie z.B. das MfS oder die „Wismut“, d.h. die Uranförderung, aber auch die großen Universitäten hatten eigene, nichtregionale Kreisleitungen. Außerdem verfügte die SED über ein breites Umfeld von Wirtschaftsunternehmen, Verlagen, wissenschaftlichen Einrichtungen (Institut für Marxismus-Leninismus, Akademie für Gesellschaftswissenschaften beim ZK der SED, Zentrale Parteischule, Bezirks- und Kreisparteischulen), Erholungseinrichtungen u.a.m.
An der Basis war die SED in den Betrieben als Betriebsparteiorganisation (BPO) organisiert. Rentner und die wenigen Hausfrauen waren in Wohnparteiorganisationen (WPO) zusammengefasst.