Die ideologische Entthronung Stalins und die unter SED-Intellektuellen angestoßene Debatte führte auch an Hochschulen und Universitäten der DDR zu einer kritischen Auseinandersetzung mit den herrschenden Verhältnissen. Im Zentrum der Diskussion standen die Notwendigkeit einer Wirtschaftsreform, die Forderung nach einer Entbürokratisierung des Staatsapparates und eine Kritik an der Einparteienherrschaft.
Robert Havemann, der an der Berliner Humboldt Universität physikalische Chemie lehrte, forderte zu einem „beharrlichen Kampf für die freie Meinungsäußerung“ auf. An mehreren Universitäten begannen sich oppositionelle Gruppen von Studentinnen und Studenten zu formieren. Es kam zu Kundgebungen, die sich gegen die SED richteten und sich mit den Aufständischen in Polen und Ungarn solidarisierten.
Die Studierenden forderten – teilweise durch Professoren und FDJ-Leitungen unterstützt – umfangreiche Reformen im Hochschulbetrieb. In Versammlungen, Diskussionen und teils auf Flugblättern verlangten sie die „Gründung einer unabhängigen Studentenorganisation, Auflösung der FDJ-Hochschulgruppen, Abschaffung des obligatorischen gesellschaftlichen Grundstudiums und des Unterrichts in der russischen Sprache“.
Die Parteiführung holte im November 1956 zum Gegenschlag aus. Die Überwachungsmaßnahmen durch das MfS wurden ausgebaut und zahlreiche Verhaftungen markierten schließlich das Ende der Proteste. Anders als 1953 war der Aufstand weitgehend hinter verschlossenen Türen geführt worden und hatte nicht auf die gesamte Gesellschaft übergegriffen. Eine allgemeine Systemkritik ist kaum geübt worden und die Arbeiterschaft hatte sich nicht an den Protesten beteiligt.
