In Deutschland besteht laut Verfassung keine Staatskirche. Stattdessen ist im Grundgesetz die Trennung von Staat und Kirche festgelegt: Danach garantiert der Staat die freie Religionsausübung und tritt selbst weltanschaulich neutral auf. Diese Bestimmungen sind jedoch nicht im laizistischen Sinne zu verstehen, demzufolge Staat und Kirche besonders streng voneinander getrennt sind. In Frankreich beispielsweise ist jede religiöse Betätigung in staatlichen Einrichtungen untersagt. In Deutschland dagegen verfügen die Kirchen und Religionsgemeinschaften über den Status öffentlich-rechtlicher Körperschaften. Als solche genießen sie staatlichen Schutz und zahlreiche partnerschaftliche Privilegien, die auch das Bildungswesen betreffen.
Besonders eng arbeiten Staat und Kirche beim Religionsunterricht zusammen. Er ist als einziges Unterrichtsfach laut Grundgesetz als ordentliches Lehrfach in öffentlichen Schulen abgesichert, ist also ein versetzungsrelevantes Pflichtfach. Der Religionsunterricht untersteht zwar der staatlichen Schulaufsicht, ist aber "in Übereinstimmung mit den Grundsätzen der Religionsgemeinschaften“ (GG) zu erteilen. Der Staat trägt die Sach- und Personalkosten. Bei der Personalauswahl, bei der Entwicklung der Lehrpläne und der Zulassung der Schulbücher wirken jedoch die Religionsgemeinschaften mit.
Nach dem Gleichbehandlungsgrundsatz können auch nichtchristliche Religionsgemeinschaften beantragen, Religionsunterricht als schulisches Pflichtfach zu erteilen. Auch dieser Religionsunterricht muss in Übereinstimmung mit dem Grundgesetz durchgeführt werden. Darüber hinaus setzt er eine ausreichende Schülerzahl und kompetente Vertragspartner voraus. Da der muslimische Bevölkerungsanteil wächst, gibt es gegenwärtig Bemühungen, an den öffentlichen Schulen einen geordneten islamischen Religionsunterricht in deutscher Sprache und unter staatlicher Aufsicht einzuführen. Fast alle Bundesländer arbeiten seit Längerem an entsprechenden Konzepten, allerdings fehlen bislang kompetente Vertragspartner seitens der islamischen Religionsgemeinschaften. Nordrhein-Westfalen, in dem 1,5 Millionen Muslime leben, führte als erstes Bundesland ab dem Schuljahr 2012/2013 schrittweise einen flächendeckenden islamischen Religionsunterricht ein.
In einigen Bundesländern bestehen Sonderregelungen für den Religionsunterricht. So gilt in Bremen und in Berlin die sogenannte Bremer Klausel
Abgesehen vom Religionsunterricht verfügen die beiden großen christlichen Kirchen aber auch auf allen anderen Ebenen des Bildungswesens über erheblichen Einfluss, obwohl sich infolge des Säkularisierungstrends immer weniger Menschen an die Kirchen gebunden fühlen. Die Kirchen beteiligen sich engagiert am öffentlichen bildungspolitischen Diskurs und sind Träger zahlreicher Bildungseinrichtungen. Beide Kirchen unterhalten zusammen bundesweit etwa 18.000 Tageseinrichtungen für Kinder und Kindergärten sowie über 2000 Schulen, wobei hier die ganze Palette unterschiedlicher Schulformen von der Grundschule bis hin zu berufsbezogenen Schulen, Abendschulen oder auch Internaten anzutreffen ist. Hinzu kommen Erwachsenenbildungsstätten und Akademien, mit denen die Kirchen auch in diesen Bereichen eigene programmatische Akzente setzen können.