Die besondere deutsch-deutsche Geschichte wird nicht zuletzt an der Fluchtgeschichte aus der DDR in die Bundesrepublik deutlich. Zwischen der Staatsgründung 1949 und dem Mauerbau 1961 flüchteten aus der DDR rund 2,7 Millionen Menschen von ursprünglich knapp 18 Millionen in die Bundesrepublik. Bis zum Mauerfall 1989 kamen nochmals etwa 300.000 hinzu. Die Geschichte der DDR ist ohne die Geschichte der permanenten Fluchtbewegung überhaupt nicht zu verstehen. Seit Mitte der 1950er Jahre galt "Republikflucht" als "Verrat". Strafrechtlich geahndet wurde das illegale Verlassen der DDR bereits seit 1950, direkt unter Strafe gestellt jedoch erst ab 1957.
Besonders schwer für die SED wog die Flucht von Fachkräften und Wissenschaftlern. Diese konnten meistens nicht ersetzt werden. Die SED ging davon aus, dass die Fachkräfte vom Westen gezielt aus der DDR abgeworben würden. Das war aber nicht der Fall. Intern musste die SED das auch eingestehen. Nach dem Mauerbau war eine Flucht nicht mehr so ohne weiteres und vor allem nicht ohne erhebliche Gefahren für Leib und Seele möglich. Als die DDR aber 1973 Mitglied der UNO und Vertragspartner der Konferenz für Sicherheit und Zusammenarbeit in Europa (KSZE) wurde, musste sich der SED-Staat auch zur Einhaltung der allgemeinen Menschenrechte und Grundfreiheiten verpflichten. Weil er diese nicht respektierte, nutzten nun aber viele Menschen die Möglichkeit, um unter Berufung auf diese internationalen Vereinbarungen einen Ausreiseantrag zu stellen. Bis Oktober 1989 waren das über 250.000 Anträge auf "ständige Ausreise" aus der DDR.